W 123 roku Powszechnego Stulecia, potyczki między rządem Federacji a grupą rebeliantów Crossbones Vanguard odbijają się echem w koloniach kosmicznych Ziemi. Jedna z tych małych bitew ma miejsce w rodzinnym mieście młodego Seabooka Arno, zmuszając go i jego przyjaciół do ucieczki i skazując ich na polityczne zamieszanie, które szybko przekształca się w wojnę totalną.
Seabook spotyka Cecily Fairchild, wnuczkę arystokratki Meitzer Ronah, która stara się stworzyć nową potęgę polityczną o nazwie „Cosmo Babylonia”. Używając Crossbone Vanguard jako swojego mięśnia, rodzina Ronah planuje przywrócić arystokratyczne rządy i ustanowić system gospodarczy, który przyniesie korzyści szlachcie, niszcząc w ten sposób jakość życia zwykłych ludzi na Sferze Ziemi.
Seabook ma za zadanie pilotować Gundam F91, mobilny kombinezon stworzony przez jego matkę, i musi wybierać między ochroną status quo Federacji a współpracą z Cecily, aby znaleźć lepszy sposób na życie dla wszystkich.